Tout comme les eaux épurées, les boues sont des sous-produits hérités des différentes étapes du traitement des eaux usées.

Les eaux épurées sont renvoyées dans le milieu naturel, les boues quant à elles sont soit valorisées par l'épandage agricole, soit éliminées par la mise en décharge ou l'incinération.

L'épandage

En France, l'épandage agricole a été privilégié. Ce système d'évacuation des boues est reconnu comme une filière très fiable et performante car il est soumis à de nombreuses réglementations. Il s'inscrit dans une logique de recyclage puisque les boues contiennent des éléments nutritifs utiles aux cultures agricoles, pouvant ainsi être utilisées comme engrais.

L'épandage des boues répond à des normes très strictes : la zone d'épandage doit être proche géographiquement de la station d'épuration pour limiter le transport et une distance minimum par rapport aux ressources en eau, aux habitations et aux zones de loisirs doit être respectée. La réglementation en matière d'épandage des boues est guidée par le principe de précaution, en matière de santé publique et d'environnement.

La mise en décharge

La mise en décharge consiste à enfouir les boues. Dans ce cas, elles sont généralement mélangées aux ordures ménagères.

La directive européenne du 26 avril 1999 planifie la réduction progressive de la mise en décharge des boues. Les décharges ne devraient accueillir que les déchets qui ne peuvent pas être éliminés par un autre moyen acceptable sur les plans financier et technique, c'est ce que l'on appelle un déchet "ultime". Les boues ne constituent pas un déchet "ultime" puisqu'elles sont valorisables notamment par l'épandage agricole. La mise en décharge des boues tend donc à disparaître.

L'incinération

Avec les nouvelles réglementations concernant l'épandage agricole des boues et la mise en décharge, l'incinération peut se développer. Cependant, du fait des coûts élevés d'investissements et de fonctionnement des incinérateurs, cet équipement est surtout utilisé par les grandes stations d'épuration.

Cette solution est privilégiée dans les zones très urbanisées par manque de terrains disponibles pour l'épandage agricole proches de la station d'épuration. Actuellement, la majorité des incinérateurs se situent sur le même site que les stations d'épuration et sont alimentés directement.

Une fois les boues incinérées, un système sophistiqué traite les gaz s'échappant des fumées. La vapeur d'eau épurée s'évacue dans l'atmosphère et les résidus de ce lavage sont déposés en décharge tout comme les cendres. Ces éléments constituent des déchets "ultimes".